Ο Γιώργος Μαργαρίτης γεννήθηκε το 1954 στην Αθήνα. Σπούδασε γεωγραφία και ιστορία στη Γαλλία όπου και ολοκλήρωσε τη διδακτορική του διατριβή (Doctorat d’ Etat) το 1981.
Δίδαξε νεότερη και σύγχρονη ιστορία στο Πανεπιστήμιο Κρήτης (1985-2004). Από το 2004 είναι καθηγητής Σύγχρονης Πολιτικής και Κοινωνικής Ιστορίας στο Τμήμα Πολιτικών Επιστημών στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης.
Εκτός από το ακαδημαϊκό και επιστημονικό του έργο έχει πλούσια πολιτική αρθρογραφία στο περιοδικό Ο Πολίτης όπου υπήρξε για σειρά ετών μέλος της συντακτικής του επιτροπής και σε πολλές εφημερίδες και περιοδικά.
Ήταν υποψήφιος στο ψηφοδέλτιο Επικρατείας του Κομμουνιστικού Κόμματος Ελλάδας.
Ανάμεσα στα έργα του ξεχωρίζουν το Ιστορία του ελληνικού εμφυλίου πολέμου (Βιβλιόραμα, Αθήνα, 2000-2001), Ανεπιθύμητοι συμπατριώτες (Βιβλιόραμα, Αθήνα, 2005), Προαγγελία θυελλωδών ανέμων: Ο πόλεμος της Αλβανίας και η πρώτη περίοδος της Κατοχής (Βιβλιόραμα, Αθήνα, 2009), Άμπωτη και παλίρροια. Ιστορία της Ευρώπης στον εικοστό αιώνα (Βιβλιόραμα, Α’ τόμος, Αθήνα, 2014).